Si por algo se conoce al Parque Natural es por su elevada densidad de mamíferos ungulados. Ya en 1960 se creó el Coto Nacional de Cazorla y Segura, con la intención de regular la actividad cinegética.
Por aquel entonces, el corzo y el ciervo habían desaparecido de las sierras, y el jabalí y la cabra montés, especie emblemática, corrían grave riesgo de hacerlo. Con la creación del coto, se trabajó duramente para incrementar la población de las especies existentes, se reintrodujo el ciervo, y se trajeron dos especies exóticas, el gamo y el muflón. Solo el corzo, de entre los que había existido en un pasado reciente, no pudo recuperar sus antiguos territorios. El coto quedaría luego incluido en el parque natural y hoy forma parte de la reserva andaluza de caza, que persigue una gestión cinegética sostenible, a través de la potenciación de las especies autóctonas y del control de las exóticas.
Por eso hoy no es difícil, en cualquier recorrido por el parque natural, toparse con estos grandes ungulados.
Sin embargo, la fauna del Parque Natural no se reduce a estos grandes animales. Muy abundantes, aunque más difíciles de ver, cabe citar a los roedores, como la ardilla o el lirón careto, o a los pequeños carnívoros, poco menos que invisibles pero cuyos rastros, en forma de huellas o excrementos, nos delatan su presencia.
A veces tus paseos por el monte se verán sorprendidos por el paso fugaz de algo que se mueve, rápido, entre las matas. Seguramente será una culebra o un lagarto, que abandonan sus lugares soleados al detectar tu presencia. Y si en esas zonas dominan los reptiles, en las orillas de las masas de agua, incluso de los cursos fluviales, lo que nos sorprenderá es el croar de las ranas, las masas de renacuajos que en primavera se afanan bajo las aguas, o lo sapos que aprovechan la noche para moverse sin peligro de acabar deshidratados. A lo mejor hasta consigues descubrir, bajo las aguas, especies tan importantes por las escasas como la trucha o el cangrejo de río.
Todos estos animales forman parte de la fauna del parque, pero hay un grupo especialmente conspicuo y que nos acompañará prácticamente en todo momento. Son las aves, que no nos pasarán desapercibidas, bien sea porque podremos verlas, bien por que las identificaremos por sus cantos. Según por donde te desplaces, verás unas u otras especies. Algunas tan solo podrás observarlas cerca de los cursos del agua, otras, en los matorrales de cumbre; y mientras unas prefieren los bosques bien conservados, las hay que encuentran su hogar ideal en parameras y estepas.
Un grupo de aves más fácil de observar e identificar son las grandes rapaces, como el águila real o el buitre leonado, que surcan los cielos y aprovechan los cortados más inaccesibles para nidificar. Hace poco regresó una rapaz muy especial, gracias a un concienzudo programa de reintroducción; se trata del quebrantahuesos, que había desaparecido de la zona durante la década de 1980.